是否合理，因为员工与客户发生纠纷

法律分析：用人单位扣除劳动者工资应遵循的规定有，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十条用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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1、扣除员工工资的合法依据跟企业的类型毫无关系，如果企业没有任何正当理由违法克扣员工工资，员工可以向企业所在地的劳动行政主管部门投诉，也可以申请劳动仲裁；2、法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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违反公司规定扣除全部工资不合法。劳动者违反公司规定给用人单位造成经济损失的，可从劳动者本人的工资中扣除来弥补经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。劳动者在用人单位扣除工资过多时可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。《工资支付暂行规定》第十六条法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。